Kombinerad Bisulfite-begränsningsundersökning (eller COBRA) är en molekylärbiologisk teknik som möjliggör känslig kvantifiering av DNA metyleringsnivåer vid en specifik genomisk locus på en DNA sammankoppling i ett litet prov genomiskt DNA. Tekniken är en variation av bisulfit-sekvensering och kombinerar bisulfit-omvandlingsbaserad polymeras-kedjereaktion med begränsande matsmältning. Ursprungligen utvecklad för att pålitligt hantera små mängder genomiskt DNA från mikrodissekterade paraffin-inbäddade vävnadsprover. Tekniken har sedan dess sett en utbredd användning i cancerforskning och epigenetikstudier.
Förfarande
Bisulfitbehandling
Genomiskt DNA av intresse behandlas med natriumbisulfit, vilket introducerar metyleringsberoende sammankopplingsdifferenser. Under behandling med natriumbisulfit omvandlas ometylerade cytosinrester till uracil, medan metylerade cytosinrester inte påverkas.
Bild 137A | De första få stegen av COBRA och molekylförändringarna orsakade av varje steg till metylerade och ometylerade CpG-ställen. | Jujubix / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Cobra_workflow.svg) från Wikimedia Commons
Författare : Milos Pawlowski
Kommentarer
Skicka en kommentar