Skillnad mellan snRNA-seq och scRNA-seq

SnRNA-seq använder isolerade kärnor snarare hela cellerna för att profilera genuttrycksform. Det vill säga, scRNA-seq mäter både cytoplasmatiska och nukleära transkript, å andra sidan snRNA-seq mäter naturligtvis kärnkraftsutskrifter (även om vissa transkriptstyrkor är fästa vid den grova endoplasmiska reticulum och delvis bevarade i nukleära preps). Detta gör det möjligt för snRNA-seq att fortsätta endast kärnan och inte hela cellen. Av detta skäl, jämfört med scRNA-seq, är snRNA-Seq mer lämplig för att profilera genuttrycksform i celler som är svåra att isolera (t.ex. Adipocyter, neuroner), dessutom som konserverade vävnader.

Dessutom kan de kärnor som krävs för snRNA-seq erhållas snabbt och enkelt från färska, lätt fixerade eller frysta vävnader, medan isolering av enstaka celler för enkelcells RNA-seq( scRNA-seq) innefattar utökade inkubationer och bearbetning. Detta ger forskare skickligheten att få transkriptomer som inte är lika störda under isolering.

Bild 271A | Grundläggande snRNA-Seq-experiment som inte använder ett DroNC-Seq-arbetsflöde skulle följa ett protokoll som liknar det här | Simkrai / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Basic_snRNA-Seq_Workflow.png) from Wikimedia Commons

Författare : Yavor Mendel

Referenser:

Molekylärbiologitekniker II

Tekniker för molekylärbiologi VI